深圳港東部港區(qū)位于深圳市東部，大鵬灣北及西北岸。現(xiàn)有鹽田、下洞、沙魚(yú)涌和秤頭角4個(gè)港區(qū)。此外，還包括大亞灣內(nèi)大亞灣核電站專(zhuān)用碼頭。深圳港東部港區(qū)水域?qū)拸V，有良好的自然水深，不淤積，障得物少，但遮蔽條件較差，在偏南風(fēng)季節(jié)，涌浪較大。

鹽田港區(qū)位于大鵬灣西北岸，深圳市鹽田區(qū)境內(nèi)，西起沙頭角保稅區(qū)、東至正角咀，距香港維多利亞港68海里、澳門(mén)港93海里。港區(qū)地理位置優(yōu)越，建設(shè)條件優(yōu)良，是我國(guó)沿海深水良港之一。該港區(qū)于1989年12月由深圳東鵬實(shí)業(yè)有限公司負(fù)責(zé)開(kāi)發(fā)，1992年11月正式對(duì)外開(kāi)放。

下洞港區(qū)位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)，東鄰沙魚(yú)涌港區(qū)，西至光匯碼頭軸線(xiàn)以西50米，是石油產(chǎn)品和液化氣作業(yè)的專(zhuān)用港區(qū)。

沙魚(yú)涌港區(qū)位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)葵涌鎮(zhèn)土洋村岸段，西部毗鄰下洞港區(qū)，是深圳東部以散雜貨作業(yè)為主的中級(jí)碼頭港區(qū)。主要經(jīng)營(yíng)秒、石等建筑材料裝卸業(yè)務(wù)，貨物主要出口香港等地。

秤頭角港區(qū)位于大鵬灣東岸北部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)葵涌鎮(zhèn)秤頭角岸段，平洲島東北方1．5海里處。隨著該區(qū)域內(nèi)新增的中石油應(yīng)急調(diào)峰LNG項(xiàng)目、中海油迭福山LNG項(xiàng)目和深圳華安液化氣改擴(kuò)建LNG項(xiàng)目的建設(shè)與投產(chǎn)，未來(lái)幾年將建成4座LNG接收站，預(yù)計(jì)每年超過(guò)900艘次LNG船舶進(jìn)出該港區(qū)，吞吐能力可達(dá)2000萬(wàn)噸。

大亞灣核電站專(zhuān)用碼頭位于大亞灣的大鵬澳北側(cè)，是核電站配套設(shè)施。

此外，在大鵬澳南部還建有游艇俱樂(lè)部碼頭，該碼頭由浪騎游艇俱樂(lè)部碼頭和七星灣游艇俱樂(lè)部碼頭組成，分別設(shè)有275個(gè)、395個(gè)游艇泊位。